HandBrake 〜DVDや動画ファイルを手軽にmp4変換〜

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HandBrakeとは、DVDや動画ファイルを手軽にmp4形式に変換できるフリーソフトウェアです。
Windows/Mac OS X/Linux対応で、出力プリセットはApple製品ならばデフォルトで用意されています。
Androidは機種によって様々なので何とも言えませんが、RockPlayerなどが入っていればiPhone向け動画を再生できると思います。

Windows版には日本語版があるため、こちらの日本語版プロジェクトページからダウンロードし、インストールしてください。
Ubuntuの場合は英語ですが、Ubuntu Tweakなどから導入してください。

使い方はｋ本的に無料ソフト・フリーソフト様の記事が詳しいのでそちらをご参照ください。
2011/03/11追記:lifehacker様によるわかりやすい解説も登場しました。
情報が少し古くなってしまっていますが、最新版でもそこまで変わっていないのでわかるでしょう。